В 2004 году НРУ поддержал Виктора Ющенко на президентских выборах, после победы которого лидер НРУ Борис Тарасюк получил пост министра иностранных дел Украины. На парламентских выборах 2006 года НРУ участвовал в составе пропрезидентского блока "Наша Украина" (ядро которого составляла НСНУ) и удовольствовался весьма скромным результатом (весь блок набрал менее 14 процентов голосов), серьезно уступив другим представителям оранжевой революции - блоку Юлии Тимошенко (набравшему около 22 процентов голосов).

В парламентских выборах 2002 года Народный рух Украины принимал участие в составе блока "Наша Украина", набравшего наибольшее количество голосов избирателей. В 2003 году состоялся XIII съезд НРУ, на котором главой партии был избран Борис Тарасюк, а его заместителями стали Роман Зварич, Юрий Ключковский, Вячеслав Коваль, Василий Куйбида и Лесь Танюк.

В 2001 году состоялся XI съезд НРУ, на котором группа активистов под предводительством Михаила Косива, Елены Бондаренко и Тараса Чорновола попыталась изменить курс Руха в сторону оппозиции к властям, однако заговорщики потерпели поражение и вынуждены были покинуть партию. Лидер Руха Удовенко осудил акцию протеста "Украина без Кучмы" и дистанцировался от активной оппозиционной деятельности партии "Батькивщина". Еще одним из апологетов этой соглашательской позиции являлся в то время один из лидеров НРУ Роман Зварич.

В 1999 году Верховный суд Украины окончательно отказал заговорщикам во главе с Юрием Костенко в праве именовать себя руховцами, и те вынуждены были создать свою отдельную организацию, которую они назвали Украинский Народный Рух (впоследствии был преобразован в Украинскую народную партию). Оставшуюся легальной часть Руха после гибели Черновола возглавил известный своей лояльностью к Кучме бывший министр иностранных дел Украины Геннадий Удовенко, напрочь лишенный какой бы то ни было харизмы. В этот момент НРУ оказался фактически уничтоженным и отошел на второй план в украинской политике. Правящий в стране режим мог больше не опасаться конкуренции со стороны этой некогда весьма авторитетной организации.

В 1999 году режим Кучмы, видя в НРУ серьезного для себя соперника (особенно, из-за предстоящих тогда президентских выборов), осуществил операцию по разрушению этой важнейшей для страны организации. Организатором развала Народного руха Украины выступил член руководства НРУ Юрий Костенко, опиравшийся на группу своих сообщников. Однако органы юстиции Украины не признали легитимности бунтарей, и контроль над структурами Руха остался у Вячеслава Черновола. Затем все совсем запуталось после решения суда, вставшего на сторону Костенко, и трагической гибели в автокатастрофе Вячеслава Черновола (обстоятельства этой резонансной катастрофы таковы, что позволяют предположить тщательно спланированное правящей кликой убийство лидера Руха, лишь замаскированное под простое ДТП; и дело здесь не только в желании властей разрушить такую авторитетную и мешавшую им организацию, как НРУ, но и в том, что авторитет Вячеслава Черновола в стране был настолько высок, что Кучма всерьез опасался его конкуренции на предстоящих в 1999 году выборах Президента Украины).

На парламентских выборах 1998 года список кандидатов от НРУ занял второе место после КПУ. Результат НРУ составил при этом почти десять процентов голосов. В середине девяностых годов прошлого века представители НРУ занимали множество постов в вертикали исполнительной власти, в то время как сама партия декларировала свою оппозиционность.

На II съезде НРУ в октябре 1990 года партию возглавил Иван Драч, а его заместителями стали Михаил Горинь и Александр Лавринович. На президентских выборах 1991 года кандидат НРУ Вячеслав Черновил занял второе место (победил тогда ставленник КПСС Леонид Кравчук), набрав 23 процента голосов избирателей. После III съезда НРУ в 1992 году партию возглавил триумвират Ивана Драча, Михаила Гориня и Вячеслава Черновола, но уже IV съезд, состоявшийся позже в том же году, избрал Вячеслава Черновола единоличным лидером Народного руха Украины.